Se voce deseja atualizar seu Kali 1.x para o Kali 2.0 o que voce tem a fazer e editar as entradas do seu arquivo source.list e executar um dist-upgrade como mostrado abaixo.
// adicionar entradas no seu source.list
cat << EOF > /etc/apt/sources.list
deb http://http.kali.org/kali sana main non-free contrib
deb http://security.kali.org/kali-security/ sana/updates main contrib non-free
EOF
Depois execute os seguintes comandos, prepare e tome seu cafe!!! 🙂
# apt-get update
# apt-get dist-upgrade
# reboot
No meu caso o upgrade ocorreu normalmente e tudo funcionou! 😉 Boa sorte!!
Ajudou demais! Obrigado!